On l'a déjà vu et lu ici et dans un numéro du Ironmongers Daily Echo, la théorie de Pierre Bayard est contestable et d'autres coupables peuvent faire l'affaire (mon cher Tobias, et notre cher Dupin, vous avez vous-mêmes développé votre lecture de l'intrigue).
Bref, tout se joue sur des détails et il est difficile de les restituer en quelques minutes d'interview.
Je pense que la démonstration de Laurent Joffrin s'appuie sur le fait que l'on peut mettre en doute la théorie de Conan Doyle comme le fait Bayard, et donc, si Conan Doyle ne propose pas la vérité (du début à sa conclusion, de ses dessous, etc.), un autre doute se confirme : il n'est pas le créateur de toute l'histoire et donc des personnages, dont notre cher Holmes.
Peu importe quelle est la bonne théorie sur le crime des Baskerville, il suffisait de démontrer qu'il y en avait plusieurs pour éliminer Conan Doyle.
Le docteur Watson, lui, il peut se tromper, car il n'est qu'un témoin, parfois manipulé ou joué, d'un drame puis d'une enquête qu'il vit presque en direct.
A ce titre, la contre-enquête de Bayard, comme celles de Tobias et de Dupin, pour ne citer que les plus récentes et les francophones, vaut la théorie de Watson.
Et c'est le lecteur informé qui fera son choix du coupable.
Moi, ceci dit, je rejoins la phrase de conclusion de Laurent Joffrin, même si j'en fais ma propre lecture :
"le véritable assassin du chien des Baskerville, c'est Holmes." Eh oui, car c'est lui qui vide le barillet de son revolver dans le féroce animal. CQFD !

Thierry Saint-Joanis (BSI M. Bertillon)
"The one thing Sherlockians should be serious about is not taking themselves seriously..." - John Bennett Shaw